La chiesa della Commenda, dedicata a Santa Maria Maddalena, ha avuto fin dai primi tempi funzioni di ospizio per pellegrini diretti in Terra Santa. Il primo documento sicuro, che risale al 1137, la classifica come "Hospitale Sancti Sepulchri". Nel 1301 un documento collega la chiesa-ospizio all'ordine dei Cavalieri di San Giovanni di Gerusalemme. La chiesa è detta anche volgarmente "magione", dal francese maison, denominazione delle case dei cavalieri. Il titolo di Commenda le viene conferito ai primi del 1500 perché diventa la sede amministrativa di altri beni dei Giovanniti.
Dal 1518-19, con la venuta di Fra Sabba, amico e confratello del Cardinale Giulio de' Medici (il futuro Papa Clemente VII), la Commenda attraverserà il periodo più significativo della sua storia, diventando nel 1540 anche parrocchia.

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